La commune comprend 399 habitants, sur une surface de 8,02 km2, son altitude moyenne étant d’environ 160 mètres.

Extrait de « L’histoire de l’Yonne jusqu’au 14 juillet 1912 – Tome II – Librairie de l’Histoire Générale Illustrée des Départements

Le 2 décembre 1863 apparait pour la première fois le nom d’Acliniacus dans une charte de Charles-le-Chauve confirmant des échanges de terres au profit de l’abbaye de Saint-Germain d’Auxerre. Guillaume de Seignelay, évêque d’Auxerre (1207-1220), donne la terre d’Egleny à son chapitre cathédral en 1212. Les chanoines d’Auxerre seront seigneurs du lieu jusqu’en 1789.

L’actuelle église a été bénite, dès sa construction achevée, le 1^er janvier 1879 ; elle ne conserve de celle qui précédait que la cloche fondue au XVIIème siècle, en 1610.

L’ancienne église était tellement vétuste qu’en 1715 l’évêque d’Auxerre avait interdit les offices en ce lieu ; la mairie fournit alors un local jusqu’à ce que les plus urgentes réparations aient été assurées. Il est bien regrettable que l’édifice n’ait pas pu être sauvé : «  Il offrait une particularité dont on ne connaît pas d’autre exemple dans le département de l’Yonne (…) Bâtie sur le sommet d’un pli de terrain, elle était entourée presque complètement d’un large fossé rempli d’eau ». Les murs en étaient si épais et si solides qu’il fallut  employer  l’explosion par mines pour les abattre. A l’emplacement actuel de la croix de Saint-Borromée, un puits, entre deux contreforts, assurait le ravitaillement en eau de cette église qui fut fortifiée en 1370. Les habitants avaient emprunté 750 florins d’or pour que l’édifice puisse appartenir à la fortification antérieure ; le corps de bâtiment fut donc largement remanié à cette époque.

La paroisse comportait nombre de chapelles. Celle de Saint-Michel, qui a donné son nom à un lieu-dit où elle s’élevait, date de 1624 ; elle était en relation avec l’hôpital Saint-Michel d’Auxerre qui, depuis le XIIIème siècle, était implanté dans la ville épiscopale à la « porte d’Egleny ». Cette chapelle jalonnait l’itinéraire des pèlerins qui, de l’Est de la France, se rendaient au mont Saint-Michel.

Au lieu-dit La Motte, en 1744, existait également une chapelle dédiée à St-Denis ; la statue de St-Jean, présentement dans l’église, en provient.

Une chapelle Notre-Dame-de-Pitié, sise à Anquin, fut vendue et démolie en 1790. Il n’en reste que la pieta polychrome du XVIème siècle, en pierre, recueillie dans l’église paroissiale.

Egleny se trouvait sur la route du pèlerinage à St-Jacques-de-Compostelle comme gite d’étape vers Vézelay. Un asile du pèlerin y fonctionnait dès le XIVème siècle, qui devint plus tard maison de charité. L’enseigne en était taillée dans une poutre de chêne, l’effigie du saint patron des pèlerins avec sa coquille au chapeau, son bourdon et sa gourde ; autrefois, sur la ruelle débouchant place Saint-Etienne, elle se trouve confinée aujourd’hui dans une petite courette. Les intempéries l’on sérieusement marquée. Mais Saint-Jacques, avec ses 180 centimètres de hauteur, protège toujours l’huis de sa maison d’accueil de jadis.

En 1965, les vitrages de l’église étaient brisés ; ils ont été reconstitués grâce à la bienveillance du  dernier notaire de la localité, maître Maurice Grégeois et à l’habileté du chanoine André Durand, curé d’Annoux, qui en fut le maître d’œuvre. Le vitrail de St-Etienne, au chevet du chœur, comporte la tête du saint en provenance des débris  de vitraux de l’église de Merry-la-Vallée ; elle est de 1831.

Lors de la séparation de l’Eglise et de l’Etat, les appartements de l’archevêché de Sens furent déplacés. Une chapelle fut aménagée dans la nouvelle résidence épiscopale. C’est en 1968, des transformations étant intervenues à la suite de nouvelles règles liturgiques issues du Concile Vatican II, que l’autel, don de Monseigneur Stourm, archevêque de Sens, de la chapelle de l’archevêché vint prendre place dans le chœur de l’église d’Egleny.